鲸鱼的祖先是中爪兽。鲸鱼的祖先原来是陆生动物，后来逐渐进化成两栖动物，再后来变成完全的水生动物，这个进化过程大约在5000万年前就已经开始，其中进化出了许多分支物种。
鲸鱼不是鱼，而是哺乳动物，现代蓝鲸体长最长可达33米，是最大的哺乳动物，同时也是地球上生存过最大的动物。
由于鲸鱼祖先中爪兽是有蹄类动物，所以即使外形差距很大，现代生物里与鲸鱼亲缘关系最近的是河马。
根据已发现的化石来看，最早出现的鲸类是原鲸科，这是一个过渡物种，已经进化出呼吸孔，但仍有后肢，外形怪异。
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